Цитадель имеет несколько уровней защиты. Первым из них является сама Туманность Змея: навигация в системе практически невозможна, а единственной точкой входа является ретранслятор массы.

Еще одним звеном в цепи оборонительной системы является флот Цитадели. Флот, по большей части, состоит из турианских кораблей, но звездолеты всех рас представлены во флотилии. Дредноут Азари Путь Предназначения ("Destiny Ascension"), постоянно находится в патруле возле  станции. Однако, если любому агрессору удается прорваться через Цитадельський флот, уже через несколько минут прибудет подкрепление со всех уголков галактики, благодаря сети ретранляторов, расположенных поблизости.

Если враг подобрался достаточно близко, станция способна  собраться в некое подобие бронированного цилиндра, 25 км в длину. Корпус станции является достаточно крепким, что даже при применении самых передовых орудий, не нанесет серьезного ущерба станции.